มาตรา 7 แห่งพระราชกฤษฎีกาจัดตั้งสำนักงานพัฒนาเศรษฐกิจจากฐานชีวภาพ (องค์การมหาชน) พ.ศ. 2550 ระบุว่าให้สำนักงานฯ มีวัตถุประสงค์ดังต่อไปนี้

1) ส่งเสริม สนับสนุน และดำเนินการพัฒนาเศรษฐกิจจากฐานชีวภาพ

2) ส่งเสริมและสนับสนุนการอนุรักษ์ความหลากหลายทางชีวภาพและภูมิปัญญาของชุมชนและท้องถิ่น

3) รวบรวม ศึกษา วิเคราะห์ และประเมินข้อมูล รวมทั้งความต้องการด้านการพัฒนาเศรษฐกิจจากฐานชีวภาพ เพื่อเสนอแนะนโยบายและมาตรการเกี่ยวกับการพัฒนาเศรษฐกิจจากฐานชีวภาพต่อคณะรัฐมนตรี

4) เก็บรวบรวมและจัดทาบัญชีรายการพืช สัตว์ และจุลินทรีย์ที่มีแหล่งกำเนิดหรือพบได้ในประเทศรวมทั้ง ภูมิปัญญาของชุมชนและท้องถิ่น เพื่อประโยชน์ในการเป็นฐานข้อมูลและดูแลการใช้ประโยชน์ทางเศรษฐกิจจากความหลากหลายทางชีวภาพและภูมิปัญญาของชุมชนและท้องถิ่น

5) ส่งเสริมและสนับสนุนการวิจัยเพื่อพัฒนาต่อยอดองค์ความรู้เกี่ยวกับการใช้ประโยชน์ความหลากหลายทางชีวภาพและภูมิปัญญาของชุมชนและท้องถิ่นไปสู่การใช้ประโยชน์เชิงพาณิชย์

6) ส่งเสริมและสนับสนุนการลงทุนเกี่ยวกับการพัฒนาเศรษฐกิจจากฐานชีวภาพ

7) ส่งเสริม สนับสนุน และดำเนินการเผยแพร่องค์ความรู้และการให้บริการการเข้าถึงและใช้ประโยชน์เกี่ยวกับความหลากหลายทางชีวภาพและภูมิปัญญาของชุมชนท้องถิ่น

8) ส่งเสริม สนับสนุน และดำเนินการเพื่อให้มีการจดทะเบียนคุ้มครองความหลากหลายทางชีวภาพและ ภูมิปัญญาของชุมชนและท้องถิ่นตามกฎหมายต่าง ๆ ที่เกี่ยวข้อง ตลอดจนป้องกันและแก้ไขปัญหาการละเมิด สิทธิประโยชน์ของประเทศในเรื่องดังกล่าว

9) เป็นศูนย์กลางติดตามและประสานการดำเนินการของหน่วยงานของรัฐและเอกชนที่เกี่ยวข้อง ทั้งในประเทศและต่างประเทศ ในการพัฒนาเศรษฐกิจจากฐานชีวภาพให้มีความเชื่อมโยงกันและสอดคล้องกับนโยบายที่คณะรัฐมนตรีกำหนด

10) ปฏิบัติงานหรือดำเนินการอื่นใดตามที่คณะรัฐมนตรีหรือคณะกรรมการที่คณะรัฐมนตรีกำหนดให้ทำหน้าที่เกี่ยวกับการพัฒนาเศรษฐกิจจากฐานชีวภาพมอบหมาย